ศูนย์วิทยาศาสตร์ฯ เริ่มดำเนินงานตั้งแต่ปีการศึกษา 2540 ตามโครงการพัฒนาการเรียการสอนวิทยาศาสตร์ และวิทยาศาสตร์ประยุกต์ในสถาบันราชภัฏ พ.ศ. 2540-2544 (โครงการ พวส.) หรือ Secondary Education Quality Improvement Project (SEQI Project) โดยมีฐานคิดในการดำเนินงานของโครงการ พวส. ที่สำคัญ 2 ประการ คือ
1. ยึดปัญหาท้องถิ่นเป็นหลัก (Community Problem Approach)
2. ยึดหลักการเรียนรู้ผ่านการปฏิบัติการหรือการทดลอง (Laboratory or Experimental Approach)
ซึ่งในปีงบประมาณ 2540 เป็นการดำเนินงานเกี่ยวกับการก่อสร้างศูนย์วิทยาศาสตร์ฯ และพัฒนาบุคลากร ในปีงบประมาณ 2541 เป็นการดำเนินงานเกี่ยวกับการจัดซื้อครุภัณฑ์ทางวิทยาศาสตร์ จากนั้นเป็นการดำเนินงานเกี่ยวกับการบริการวิชาการในด้านต่าง ๆ เช่น การเรียนการสอน การทำวิจัยของนักศึกษา การจัดอบรมเพื่อพัฒนาศักยภาพการสอนของบุคลาการทางด้านการศึกษา การจัดอบรมพัฒนาทักษะทางวิทยาศาสตร์แก่โรงเรียนต่าง ๆ ในเขตจังหวัดสุราษฎร์ธานีและจังหวัดใกล้เคียง
ปัจจุบัน ศูนย์วิทยาศาสตร์ฯ ดำเนินงานภายใต้คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยราชภัฏสุราษฎร์ธานี ซึ่งในปีงบประมาณ 2557 เริ่มมีการดำเนินการให้บริการด้านการตรวจวิเคราะห์ทดสอบตัวอย่างทางห้องปฏิบัติการ และในปีงบประมาณ 2562-2563 ศูนย์วิทยาศาสตร์ฯ ได้รับการจัดสรรครุภัณฑ์ทางวิทยาศาสตร์ขั้นสูงเพื่อเพิ่มศักยภาพในการให้บริการทดสอบตัวอย่างทางห้องปฏิบัติการและเป็นการรองรับการให้บริการเครื่องมือทางวิทยาศาสตร์สำหรับงานวิจัย การบริการทางวิชาการ และการถ่ายทอดเทคโนโลยีให้แก่ชุมชนและท้องถิ่น
ทั้งนี้ทางศูนย์วิทยาศาสตร์ฯ พยายามพัฒนาตัวเองอยู่ตลอดเวลา เพื่อสร้างมาตรฐานของศูนย์วิทยาศาสตร์ฯ ให้สูงขึ้นในทุกด้าน เพื่อให้ผู้รับบริการมั่นใจได้ว่าองค์กรจะสามารถสนองต่อความต้องการของผู้รับบริการได้มากยิ่งขึ้นด้วยระบบการบริหารงานที่มีคุณภาพ